2002年11月29日，海南省環境科學研究院（海南省環境監測中心站）在原海南省環境科學研究所（組建于1990年）和原海南省環境監測中心站（組建于1974年）的基礎上合并組建。她是海南省國土環境資源廳直屬的公益性科學技術事業單位，為國家一級環境監測站，也是我省唯一的省級環境科學專業研究機構。全院設置了辦公室、總工室、綜合室、大氣監測室、水質監測室、中心實驗室、生態監測室、研究規劃室、統計信息室、國際合作中心、固體廢物管理中心、環境影響評價中心、清潔生產審核中心等13個科室。
環境監測、科研和經營是我院并駕奔騰的三駕馬車。作為全省環境科研與監測的綜合性研發機構，我院是全省環境科研監測的技術中心、信息中心、網絡中心、培訓中心，實施全省范圍內的生態環境質量和污染源監測，承擔我省基礎性、戰略性、公益性環境科學研究，開展環境影響評價、清潔生產審核、環境工程、環境監理、水土保持方案編制和地質災害評估等六位一體的經營活動。
海南省環境科學研究院（海南省環境監測中心站）為我廳直屬的公益性事業單位，國家一級環境監測站，是全省環境監測的技術中心、信息中心、網絡中心和培訓中心。負責海南省環境監測規劃、計劃，負責海南省環境監測技術管理、技術指導、技術培訓、技術考核和監測網絡管理；組織實施全省各類環境監測工作，同時承擔全省主要江河、湖庫和近岸海域和農產品產地環境質量例行監測，全省生態環境質量監測，地表水國控斷面和全省飲用水源地月報監測，全省國控和省控重點污染源監督性監測，建設項目竣工環保驗收監測，環境污染糾紛技術仲裁監測和突發性環境污染和生態破壞事故應急監測等監測工作。負責海南省基礎性、戰略性、公益性環境科學研究，負責建立海南省環境監測和污染源動態數據庫。編制海南省環境質量、生態環境、污染源等的狀況和變化趨勢報告。負責海南省城市綜合整治定量考核、環境保護目標責任制的技術管理、技術指導。編制環境科研規劃計劃，開展生態省建設、環境保護技術、政策研究和環境規劃等研究。參與制訂和修訂本省環境標準和技術規定；參與社會經濟發展和環境保護綜合決策、國土綜合規劃、社會經濟發展規劃計劃、環境保護規劃計劃的編制和修編等。負責環境保護國際合作與交流工作，策劃和申報國際合作項目，協調環境保護國際合作研究項目的開展。從事廢物進口登記及危險廢物管理工作；承擔進口廢物環境風險評價、進口廢物申請登記及材料初審、進口廢物總量調配、廢物跨省域轉移的登記與材料初審、危險廢物登記等工作。 我院現有在崗職工138人，其中，各類專業技術人員119人，占職工總人數的86.2%；擁有博士3人，碩士研究生32人，本科52人，專科19人，專科以上學歷人員占職工總人數的76.8%。在各類技術人員中，有高級職稱人員19人，中級職稱人員49人，初級職稱人員42人，中級職稱以上人員占職工總人數的49.3%，占技術人員總數的57.2%。各類技術人員專業涉及分析化學、環境監測、環境管理、環境科學、環境經濟學、土壤學、地理信息系統、遙感、生態學、地質學、環境工程、水文地質、氣象、計算機、經濟管理、會計、統計等學科。